Doktorske studije završavaju se odbranom doktorske disertacije, a mogu se upisati nakon završenih osnovnih (master) studija.
Smerovi doktorskih studija su:
- Bromatologija
- Farmaceutska hemija
- Farmaceutska mikrobiologija
- Farmaceutska tehnologija i biotehnologija
- Farmakognozija
- Farmakokinetika
- Farmakologija
- Industrijska farmacija
- Kozmetologija
- Medicinska biohemija
- Toksikologija
- Wellness farmacija - PRVI PUT NA BALKANU !!!
- Farmaceutska zdravstvena zaštita
- Farmaceutski menadžment i marketing - PRVI PUT U ZEMLJI !!!
- Farmakoekonomija i farmaceutska legislativa - PRVI PUT U ZEMLJI !!!